输出命令——dump

本文还是先以Example/colloid/in.colloid为例。

#dump		1 all atom 1000 dump.colloid

#dump		2 all image 1000 image.*.jpg type type &
#		zoom 1.5 center d 0.5 0.5 0.5
#dump_modify	2 pad 5 adiam 1 5.0 adiam 2 1.5

#dump		3 all movie 1000 movie.mpg type type &
#		zoom 1.5 center d 0.5 0.5 0.5
#dump_modify	3 pad 5 adiam 1 5.0 adiam 2 1.5

“#”是注释的意思。in.colloid默认把输出都注释掉了，所以没有输出文件。
我们只要把“#”删除，就可以执行对应的命令。

以上命令中出现了三种类型的数据：dump数据文件、jpg格式图片以及mpg格式视频。

最简单的是dump数据文件，也是我们最常用的。通过dump文件我们可以利用其它软件，例如OVITO，很方便的进行数据可视化。效果要比LAMMPS内置的图片和视频输出效果更好。对应的命令是：

1	dump 1 all atom 1000 dump.colloid

他的意思其实是：

1	dump [ID] [group ID] [style] [timestep] [filename] [args]

ID：为一个dump命令起一个唯一的代号，一般就是1、2、3
group ID：之前定义的一组对象的组（group）唯一代号，比如所有原子（all），后者氧原子氢原子。除了默认的group ID外，其它group ID需要在使用之前通过group命令定义。
style：数据类型，比如原子三维坐标（atom）。
timestep：记录的时间步长，每隔一个timestep就会记录一行数据。
filename：输出文件名。这里面的“*”指的是每一个timestep记录一个dump文件，“*”处利用当时的时间步进行替代。
args：对应于不同style的一些其它参数，在dump命令有更详细的介绍。

输出文件的格式如下所示：

所使用的编辑器为Sublime Text，相对于记事本，更适合于用来编辑代码和数据，不容易产生未知的符号（编码和文件头问题）。同类竞品有VS Code或Atom，随便下载一个顺手的即可。

可以分析LAMMPS输出的dump文件格式为：

图片或视频的输出类似，不过在args处有其他的参数。博主认为直接输出图片或视频不很必要，感兴趣的读者可以自行了解。另外，dump_modify命令是对之前dump命令中的设置进行的调整，一般是一些默认设置。博主作为新手也不是很了解，感兴趣的读者可以参考官方文档：dump命令和dump_modify命令。

OVITO可视化dump文件是很方便的。在这里博主直接引用一个操作流程。

Ref: http://cms.sjtu.edu.cn/md_manual.html

输入命令read_data

LAMMPS支持lattice命令建立晶体模型，对金属模拟来说是很有用的，在互联网上的教程也很多。博主主要研究的是分子运动的模拟，不属于晶体模拟范畴；而且分子形态和位置都需要自己定义，那么lattice命令就不是那么理想了。接下来博主准备以molecule目录的in.water为例进行LAMMPS数据输入的实例介绍：

1	LAMMPS根目录\Examples\USER\atc\molecule

在这个例子中，in.water读取了一个文件water.init。

1	read_data water.init

通过LAMMPS运行文件，只要是utf-8编码的文本文件，那么后缀或前缀的不同不会产生太大影响。但一般均按照习惯进行命名。*.init文件也可命名为*.data。我们可以来看看water.init文件的格式。此格式即LAMMPS输入文件的格式。

LAMMPS输入文件格式要求较为严格。如果格式不正确将不能正常运行。好在LAMMPS系统做的错误提示比较好用，一般能够根据提示找到输入文件的问题所在。输入文件可以很立体全面地定义输入分子的结构和作用势信息，如原子质量、原子间作用势参数、原子坐标、原子成键等等。读者可以具体参考关于data format的官方链接。

下期预告

到此为止，我们已经是一个可以随意调试脚本并查看调试结果的LAMMPS“脚本小子”了。

如何利用LAMMPS成为真正的盐酒者与磕雪家呢？那其中命令的物理意义是一定要了解的。

博主会挑一些自己用过的命令进行实践和介绍。Love and peace。